مكتب ملاصدرا در مقطع پسين دوره صفوى هنوز تسلط كامل خود را از دست نداده بود . شيخ عنايت اللّه گيلانى همدوره اردستانى ، به مكتب ملا رجبعلى تبريزى تعلق داشت و مكتب مشائى ابن سينا را ادامه داد و به تدريس اشارات ، شفا ، نجات ، پرداخت . همچنين استادانى بودند كه صرفا عرفان و اشراق را تدريس مىكردند . يكى از اينها مير سيد حسين طالقانى بود كه از عرفاى برجسته اصفهان در آغاز سده دوازدهم / هيجدهم برشمرده مىشد و فصوص الحكم ابن عربى و نيز آثار سهروردى ازجمله حكمت الاشراق و هياكل النور را با شروح سنتى آنها تدريس مىكرد . او در جاى خود و تا حجم و حد مشخصى تحت‌تأثير تعاليم ملاصدرا بود . رويهمرفته اگر كسى اطلاعات اندك از تاريخ دهه‌هاى پسين حكومت صفوى داشته باشد ، بلافاصله به گسترش تدريجى تعاليم ملاصدرا مخصوصا در اصفهان و نيز ساير مكاتب همچون مكتب مشاء و عرفان در فضايى پىمىبرد كه در اين فضا خصومت با حكمت و عرفان در اوج بود . تأثير مكتب اصفهان در هند با اينكه علاقه به فلسفه اسلامى در شبه‌قاره هند و پاكستان به سده‌هاى هفتم / سيزدهم و هشتم / چهاردهم برمىگردد ، ولى استقرار واقعى مكتب فلسفه اسلامى در شبه‌قاره در دوره صفويان صورت گرفت . در اين دوره تعدادى از فيلسوفان و علما و دانشمندان به هند مهاجرت و يا مسافرت كردند نظير قاضى نور اللّه شوشترى ، مولف كتاب معروف مجالس المؤمنين و احقاق الحق ، محمد دهدار شيرازى نويسنده چند رساله عرفانى ازجمله اشراق النيّرين ، بهاء الدين اصفهانى معروف به فاضل هندى تلخيص‌كننده متافيزيك شفاء و نيز ميرفندرسكى پيش گفته . به علاوه ، تعاليم ميرداماد و ملاصدرا در هند و ماوراى آن پراكنده شد . شرح الهدايه ملاصدرا كه پيشتر ذكرش گذشت ، يكى از آثار نام‌آور شبه‌قاره گرديد . تعداد عظيمى از حاشيه‌ها و شرحهاى آثار استادان دوره صفوى و نيز نسخ خطى نوشته‌هاى آنها كه امروزه در كتابخانه‌هاى شبه‌قاره موجود است ، شاهدى بر گسترش چشمگير تعاليم مكتب اصفهان در اين منطقه است . درواقع به جز عراق كه بعدها از نظر مذهبى به ايران پيوست ، بخش اسلامى شبه‌قاره تنها منطقه ديگر جهان اسلام بود كه اين مكتب خاص فلسفه اسلامى با تأثيرات قابل‌ملاحظه‌اى در آن توسعه يافت . نهضتهاى عرفانى و كلامى مربوط به افرادى چون شيخ احمد سرهندى و شاه ولى اللّه و نيز مكتب خيرآبادى را كه آشكارا مكتب فلسفى و منطق بود نمىتوان بدون بررسى مكاتب فكرى دوره صفوى دريافت .